欧洲冠军联赛中，拜仁也在总比分121击败了里斯本竞技并创造了欧冠淘汰赛阶段最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以51淘汰出局2009年4月27日，在拜仁主场败给沙尔克04并滑落至联赛第3后的第三天，克林斯曼被解雇，前主教练尤普·海因克斯以代理主教练的身份执教球队直到赛季结束球队最终获得了联赛第二名，顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联。